Au cours des prochaines décennies, le secteur agroalimentaire fera face à plusieurs défis notamment celui de nourrir une population mondiale qui atteindra 9 milliards d’individus. L'atteinte de ces objectifs passe obligatoirement par le développement des techniques de l’agriculture intensive, massive et industrielle. Dans le secteur alimentaire, la surproduction des denrées combinée aux nouvelles tendances du marché qui limitent le recourt aux barrières microbiologiques traditionnelles engendrera des défis supplémentaires en termes de qualité et de salubrité des aliments. Dans le secteur vétérinaire, l'élevage intensif jumelé à l’utilisation abusive des antibiotiques entraînera une augmentation de plus en plus inquiétante des bactéries multirésistantes. Il existe donc un besoin urgent pour le développement de nouvelles sources d’antimicrobiens pouvant être utilisées tout au long de la chaîne alimentaire. Parmi les approches proposées, l'utilisation des bactéries lactiques ou digestives comme cultures bio-protectrices et/ou de leurs métabolites a suscité beaucoup d’intérêt. Paradoxalement, très peu de cultures et/ou d’ingrédients naturels sont actuellement autorisés par les agences réglementaires et disponibles sur le marché. Des travaux de recherche portant aussi bien sur des aspects fondamentaux qu’appliqués demeurent nécessaires afin que ces composés naturels puissent être homologués et utilisés dans les secteurs alimentaire et vétérinaire.
La programmation de la chaire permet de rassembler autour d’une même problématique de recherche des joueurs importants agissant à différents niveaux de la chaine alimentaire, à savoir les producteurs de ferments, les concepteurs et développeurs de matériaux fonctionnels, les producteurs et les transformateurs des aliments. 
Tout au long de ce projet, une approche scientifique et de gestion sera adoptée permettant d’une part le développement de la recherche fondamentale qui contribuera à l’avancement des connaissances dans le domaine fort prometteur des antimicrobiens naturels, et qui favorisera d’autre part le développement de la recherche appliquée avec la mise au point de produits transférables et utilisables dans différentes sphères du secteur alimentaire.  Les objectifs spécifiques seront : 
  • isoler, identifier et caractériser de nouvelles cultures bactériennes d’origine alimentaire et digestive productrices d'antimicrobiens naturels ; 
  • identifier et caractériser de nouvelles molécules biologiques à activité antimicrobienne produites ; 
  • développer des bioprocédés efficaces et écoresponsables pour la production et la stabilisation à grande échelle des cultures bio-protectrices et de leurs composés à activité antimicrobienne ; 
  • développer et caractériser les activités biologiques d’ingrédients et de nouveaux matériaux fonctionnels contenant les cultures et ou les composés ;
  • étudier la stabilité et l’activité biologique des ingrédients et des matériaux fonctionnels dans différentes matrices biologiques.
Réalisations ou résultats (attendus)
La chaire permettra l’établissement d’une structure scientifique multidisciplinaire compétitive dans le domaine des cultures bio-protectrices et des antimicrobiens naturels, de générer de nouvelles connaissances fondamentales et des données scientifiques relatives à certaines activités métaboliques des bactéries lactiques, notamment celles en lien avec la production de composés antimicrobiens. De plus, les données sur l’efficacité et surtout sur l’innocuité de ces molécules constitueront un atout majeur à leur homologation par les organismes réglementaires et donc leur exploitation à grande échelle. Finalement la programmation de la chaire permettra la formation d’une main d’œuvre hautement qualifiée dans un domaine de recherche en forte demande.
Retombées pour les partenaires
La chaire permettra le développement de nouveaux produits et biomatériaux fonctionnels en grande demande dans les secteurs alimentaires et vétérinaires. Dans le secteur alimentaire, ces produits permettront le développement de denrées bio-conservées sans additif chimique et à faible taux de sel. Dans le secteur vétérinaire, l’utilisation des composés naturels comme facteur de croissance permettra le développement d’élevages sans antibiotique tout en améliorant les performances zootechniques et en réduisant le taux de mortalité des troupeaux.  Retombées pour la société
Les résultats générés permettront de répondre à la demande grandissante du consommateur pour des aliments naturels, de qualité et sans agent chimique de conservation, et de contribuer à réduire l'incidence des micro-organismes multirésistants aux antibiotiques.